Toutes les tâches qui ont été assignées à la CNC sont énumérées dans les accords de coopération suivants:
- Accord de coopération Climat : Accord de coopération du 14 novembre 2002 entre l’Etat fédéral, la Région flamande, la Région wallonne et la Région de Bruxelles-Capitale concernant l’établissement, l’exécution et le suivi d’un Plan national climat, ainsi que l’établissement de rapports, dans le cadre de la Convention-cadre des Nations Unies sur les changements climatiques et le Protocole de Kyoto
- Accord de coopération Flexmex : Accord de coopération du 19 février 2007 entre l’Autorité fédérale, la Région flamande, la Région wallonne et la Région Bruxelles Capitale en matière de l’exécution de certaines dispositions du Protocole de Kyoto
- Accord de coopération Registre : Accord de coopération du 20 janvier 2017 entre l’Etat fédéral, la Région flamande, la Région wallonne et la Région de Bruxelles-Capitale relatif à l’organisation et à la gestion administrative du registre national belge de gaz à effet de serre conformément à la directive 2003/87/CE du Parlement européen et du Conseil, au règlement (UE) n° 525/2013 du Parlement européen et du Conseil, et à certains aspects de la mise aux enchères conformément au règlement (UE) n° 1031/2010 de la Commission
- Protocole d'accord Enchères : Protocole d’accord du 26 avril 2013 entre l’Etat fédéral, la Région flamande, la Région wallonne et la Région de Bruxelles-Capitale concernant la participation de la Belgique aux procédures européennes conjointes de passation de marché pour la désignation d’une plateforme d’enchères, d’une plate-forme d’enchères transitoire, ainsi qu’une instance de surveillance des enchères
- Accord de coopération Aviation I : Accord de coopération du 2 septembre 2013 entre l’Etat fédéral, la Région flamande, la Région wallonne et la Région de Bruxelles-Capitale relatif à l’intégration des activités aériennes dans le système communautaire d’échange de quotas d’émission de gaz à effet de serre conformément à la Directive 2008/101/CE du Parlement européen et du Conseil du 19 novembre 2008 modifiant la Directive 2003/87/CE afin d’intégrer les activités aériennes dans le système communautaire d’échange de quotas d’émission de gaz à effet de serre
- Accord de coopération Aviation II : Accord de coopération du 16 octobre 2015 entre l’Etat fédéral, la Région flamande, la Région wallonne et la Région de Bruxelles-Capitale modifiant l'accord de coopération du 2 septembre 2013 entre l’Etat fédéral, la Région flamande, la Région wallonne et la Région de Bruxelles-Capitale relatif à l’intégration des activités aériennes dans le système communautaire d’échange de quotas d’émission de gaz à effet de serre conformément à la Directive 2008/101/CE du Parlement européen et du Conseil du 19 novembre 2008 modifiant la Directive 2003/87/CE afin d’intégrer les activités aériennes dans le système communautaire d’échange de quotas d’émission de gaz à effet de serre
- Accord de coopération Aviation III : Accord de coopération du 15 décembre 2020 entre l’Etat fédéral, la Région flamande, la Région wallonne et la Région de Bruxelles-Capitale modifiant l'accord de coopération du 2 septembre 2013 entre l’Etat fédéral, la Région flamande, la Région wallonne et la Région de Bruxelles-Capitale relatif à l’intégration des activités aériennes dans le système communautaire d’échange de quotas d’émission de gaz à effet de serre conformément à la Directive 2008/101/CE du Parlement européen et du Conseil du 19 novembre 2008 modifiant la Directive 2003/87/CE afin d’intégrer les activités aériennes dans le système communautaire d’échange de quotas d’émission de gaz à effet de serre
- Accord de coopération AAU : Accord de coopération du 17 juillet 2015 entre l’Etat fédéral, la Région flamande, la Région wallonne et la Région de Bruxelles-Capitale relatif au transfert d'unités de quantité attribuée aux régions pour la période 2008-2012
- Burden sharing du 8 mars 2004 : Décision du Comité de concertation du 8 mars 2004 relatif à la répartition des charges nationales
- Accord politique Burden sharing : Accord politique du 4 décembre 2015 sur le Burden Sharing intra-belge
- Accord de coopération Burden sharing : Accord de coopération du 12 février 2018 entre l’Etat fédéral, la Région flamande, la Région wallonne et la Région de Bruxelles-Capitale relatif au partage des objectifs belges climat et énergie pour la période 2013-2020
- Accord de coopération Burden sharing 2021-2030 : Accord de coopération entre l’Etat fédéral, la Région flamande, la Région wallonne et la Région de Bruxelles-Capitale relatif à certaines dispositions du partage des objectifs belges climat et énergie pour le début de la période 2021-2030 et au partage des revenus fédéraux de la mise aux enchères des quotas d’émissions pour les années 2015 à 2020 incluse