In overeenstemming met het Samenwerkingsakkoord Klimaat kan de NKC zich laten ondersteunen door werkgroepen voor materies die een verder onderzoek of beoordeling vereisen.

Momenteel zijn de volgende werkgroepen actief ter ondersteuning van de NKC bij het uitvoeren van haar opdrachten:

• Adaptatie
• Beleid en maatregelen
• DNA/FP
• Emissies (CCIM)
• ETS Luchtvaart
• ETS Vaste installaties
• Flexibiliteitsmechanismen
• Klimaatresponsabiliseringsmechanisme
• Nationaal Energie-Klimaatplan (gezamenlijke WG NKC-CONCERE)
• Nationaal Register
• Nationale Mededeling/Tweejaarlijks Rapport
• Prognoses
• Reporting Climate Finance
• SWA Burden Sharing